「ファイル」―「会社基本情報の登録」の[環境設定]タブにて、端数処理を移行元のソフトを同じ設定にしてください。

もし、それでも合わない場合は、「資産」―「資産の登録」にて「償却限度額」を上書きにて修正してください。