仕訳データを1件でも登録すると［電子帳簿保存しない］から［電子帳簿保存する］に変更することはできません。

電子帳簿保存に対応するには伝票の訂正や削除の履歴のを残す必要があり、［電子帳簿保存しない］に設定されていると、既に訂正や削除の履歴が残っていない可能性があるためです。
今期での対応は難しいため、期末更新後、仕訳を入力する前に新しい会計期間で変更を行ってください。

なお、変更は「前準備」－「会社基本情報の登録」の［電子帳簿保存］タブにて行います。