別表四で社内留保に計上した金額は別表五（一）にも計上され、「別表四留保所得金額又は欠損金額＝別表五（一）の増減金額」という検算式が成り立っていますが、入力状況によっては結果が一致しない場合があります。
※この検算式は別表五（一）の欄外に記載されているもので、『PCA法人税』独自の計算式ではありませんので、紙の申告書で同じように記載したとしても検算結果が一致しない状況は変わりません。