請求先を設定する前に売上伝票を入力していたことが考えられます。

請求先を設定していない状態で売上伝票を入力した後、「得意先の登録」で請求先を設定しても入力済みの売上伝票には反映されません。
売上伝票には伝票入力時の得意先マスターの情報を保持しているためです。

既に入力している売上伝票に請求先の情報を反映させるためには、売上伝票の［得意先コード］を打ち直していただく必要があります。

詳細は下記の資料をご確認ください。表示されない場合はこちら（PDF）をご確認ください。