「総勘定元帳」や「合計残高試算表」に決算整理仕訳が反映されない場合は、「総勘定元帳」や「合計残高試算表」などのツールバーの［集計条件］ボタンをクリックし、［仕訳区分］の設定を確認してください。

【参考】
［条件指示］の［仕訳区分］の枠内の［設定］ボタンをクリックし、［集計終了仕訳］（3段目）を確認してください。
［決算1～3］が選択されていない状態の場合は、決算整理仕訳は出力対象になりません。
必要に応じて［決算1～3］をクリックし、出力対象（茶色の状態）にしてください。